Modernleşmenin düşünsel temelleri analiz edilirken referans verilen öncül isimlerden ikisi Hugo Gratius ve Francis Bacon’dır. Her ikisinin de ana görüşleri sekülerleşmeyi anlamak açısından önemli ve gereklidir.

Hukuk nosyonu ile tanınan ve doğal hukuk kavramı üzerine odaklanan Hugo Gratius’u iki açıdan değerlendirebiliriz. Birincisi, o dönemde tartışılmaya başlanan “doğal hukuk” ve “doğal din” gibi kavramların ne anlatmak istediğidir? Kilisenin kutsal kitap üzerindeki temellükü devam ederken, Batı düşüncesinin açılımında yavaş yavaş gözlerin tabiata doğru çevrilmesi ciddi bir değişimdir.

Tabiatın Tanrı’nın yazılı olmayan bir kitabı olarak görülmesi ve ardından insanlığın el ettiği bilgi ve kuralların ilksel formlarının tabiatta bulunduğuna dair inanç doğal hukuk ve doğal din kavramları üzerine odaklanılmasını sonuçlamıştır. Esasen modernliğin inşasında kutsal kitaba dayanmadan dünyanın inşasında yaratılan sıfır noktasını ve referansı imlemektedir bir bakıma doğal hukuk ve doğal din kavramları.

Tabiat üzerine odaklanma aslında ilk başta Tanrı’dan kopuk bir faaliyet alanını tanımlamaz. Hatta tabiatta varolan ve işleyen ilkelerin keşfi, Tanrı’nın tabiata koymuş olduğu kuralların ortaya çıkarılması bağlamında Tanrı ile ilintilidir. Fakat bunu tamamlayıcı cümle; bu ilkelerin keşfinden sonra tabiata hakim olmak ve onu yönetmektir. Bu anlayış bir müddet sonra tabiatın Tanrı’dan koparılışı ve giderek insan ile tabiat arasında bir düalizmi sonuçlamıştır. Böylece tabiat dinsel içeriğinden boşandırılmıştır ki, bu bir sekülerleşmeye tekabül etmektedir.

Francis Bacon Novum Organum (Türkçe’ye de çevrilmiştir) isimli eserinde bu içerikle tabiata dikkat çekmektedir. Hatta insanın merkeze alınarak tabiatın ötekileştirildiği bir içeriği Bacon’ın kitabında bulmak mümkündür. Tüm bu süreçte “nasıl”lık öne çıkarken, tabiat ve eşyaya dair “niçin”lik soruları giderek geride bırakılmış hatta terk edilmiştir. Böylece tabiat daha çok insanın müdahalesine açılmış, modern mentalitede tabiattaki varlıklar Tanrı’ya olan göndergelerini kaybetmişlerdir. Artık onlar bu düşünce açısından Kur’an’daki ifadesiyle birer “âyet” değildirler.