Her din, topluluk, cemaat, gurup hatta şahıs konumuna göre tepki gösterdi. En aşırı tepkiler kendini Bizans’ın varisi olarak gören Yunanistan’dan geldi. Hatta Yunan kilisesi patriği: “Türkler Ayasofya’ya cami yapmaya cesaret edemezler” dedi. 

Ortoks Hıristiyanlık için Ayasofya önemli. Doğu Roma’nın dini, mezhebi Ortodoksluk’tu ve baş ibadethanesi Ayasofya idi. Bizans’ın düşmesine yakın batı (katolik) ve doğu (ortodoks) kiliselerinin birleşmesi yönünde Roma kilisesi tarafından baskı oluşturuldu. Hatta müşterek bir âyin icra edildi. Fakat doğu kilisesinin birçok rahibi bunu kabul etmedi. Fatih, İstanbul’u aldıktan sonra Ortodoks kilisesini himayesine almasa idi, Roma kilisesi Hıristiyanlığın tek hâkim mezhebi olacaktı. Fatih bu inanç sisteminin yaşamasını siyasetine uygun buldu ve ortodoks kilisesini himayesine aldı. Fatih çökmüş olan patrikhaneyi ihya etmese idi kim ne diyebilirdi?